前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
早期人们对恐龙的种种推测和猜想，不断被新发掘出的化石所推翻，很多认识不得不予以更正。随着近年来越来越多的恐龙化石被发现，人们对恐龙世界的认识比过去更加准确和全面了。
在尸修蔓延的修行世界里，杂役弟子陈元被奸人所害，意外觉醒万物提取系统，可以提取任何死物的修为、功法、灵力等等。“所以，只要杀了他，这数十年修为就是我的了？”有了系统加持，陈元一路打怪升级，大杀四方，结识重要伙伴，历经重重考验，殊不知，所有考验的背后，都是针对他所编织的巨大阴谋。
