陈星乃东阳城陈家少主，父母双亡，本可在成年时继任家主之位，却被野心勃勃的代家主陈盛，设计暗害打算鸠占鹊巢。谁承想陈星大难不死，意外获得失传已久的至高功法《太古星神诀》，并学会了部分招式，强势归来，揭穿陈盛丑恶嘴脸，将其关押入牢。此事暂了，陈星未雨绸缪，仔细研究《太古星神诀》，搜罗功法所需星兽，快速成长。期间，陈星因一只星兽，救下玄阳宫宫主之女穆青岚，并在其建议下，历尽千辛拜入玄阳宫。然而刚入门，陈星就和副宗主之子剑飞空，争端不断。
故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦..
动画在原作基础上把时间轴转移到了六胞胎已经成年后的背景下。然而他们却一如既往地选择了家里蹲，每天过着无所事事的日子。作品在维持了原作风格的同时，大胆融入了各种NETA和现实要素。
《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
