魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
天生绝脉、废体少年——凌霄，一朝逆袭，修成悟道神体，为救爱人、为寻父母，为护苍生，战天斗地，打穿三千世界，使人族三界，乾坤逆转，挣脱秩序掌控者的束缚，重塑三千世界崩坏的秩序大道，再造人族无上辉煌！
