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在3×01《No Place Like Home》中，动物感染事件已经过去整整10年，大多数动物都被治好了。再没有黑熊闯入普通民居的厨房，再没有老鼠肆虐电梯，华盛顿特区的街道也不再像非洲野生动物园。一切看起来都在好转，但人类却付出了高昂的代价——用来治愈动物的药物通过空气传播至全球，人类逐渐失去了生育能力。一种被称作「混种」的新威胁开始出现，它们是实验室里制造出的怪物大军，没人能阻止它们毁灭人类的决心。Gracie Dzienny本季扮演Mitch Morgan的女儿、已经长大成人的Clementine。Clementine坚称父亲还活着，请求他昔日的战友们帮忙解救他。要想治愈人类不孕不育的问题，只有Mitch能做到。

主线围绕第一集大结局搬来的黑人主妇“贝蒂·爱波怀特”。她在地下室建了一个牢房，关了一个看似非常危险的人。后来知道这个人其实是她的大儿子，杀了二儿子的女友，贝蒂不想让儿子被抓，又怕他继续伤人，便把他关了起来。然而，真相并非如此……至于其他几名主角，苏珊麦克分分合合纠缠不清；伊蒂和卡尔好上了，而卡尔希望跟苏珊复合；布丽沉浸在丧夫之痛中无法自拔，还要面对变态药剂师的追求；勒奈特回去工作；盖比和卡洛斯的婚姻历经一系列波折走向破裂。

这季将讲到原作小说第5-9本的内容，也将“比第一季更复杂、野心更大”。紧接上季结尾，三姐弟被银行家Poe寄存在普鲁弗洛克预备学校，等待合适监护人，他们会遇见奇葩的同学Carmelita Spats。而尼尔·帕特里克·哈里斯饰演的大坏蛋欧拉夫伯爵，会伪装成欧洲拍卖商Günther来到学校。

新元文明，二百五十三年，犯罪率升高是否与“零度共情者”相关，正成为这个社会越来越让人瞩目的话题。一起送货员被谋杀案牵扯出了一个犯罪团伙，而真凶被确定为最能引起社会讨论的“零度共情者”，案子虽然顺利结束了，但负责该起案件的特调组探员骆为昭却意识到一切并没有表面看起来这么简单。之后人口失踪案、富豪车祸案、走失大学生遇害案，一个个“零度共情者”被推到公众面前，骆为昭（付辛博 饰）意识到除了这些被推出来的凶手外，实习探员裴溯（张新成 饰）似乎也牵扯其中，几起案件背后还另有其人在穿针引线。最后这些犯罪势力被一网打尽，公众也意识到基因决定不了一个人的优劣、善恶，人可以战胜基因，人可以自由选择，只要心存希望之光，哪怕身处幽暗深渊，也终有一天会回到阳光之下。

该剧改编自休·豪伊所著同名畅销科幻系列小说，故事发生在一个反乌托邦未来，大约一万名人类在144层深的筒仓型地堡居住，他们被告知外面的世界因受到毒气感染而变得不适合人类居住，仅余的幸存者遂躲进地堡避难，并制订了规条来维持地堡中的新社会运作。