漂浮于东京湾上的人工岛「极东法令外特别地区」——通称“24区”。
由于人族的贪婪，其他种族在一次次的混战中逐渐隐匿了痕迹的故事。在这场混战中，水中界被纳入地上界的版图，而除了精灵族之外，其他种族在地上界仍然有活动，但隐藏了真实身份，仅在人类中留下了传说和教会的宣传口号。这部作品通过描绘不同种族之间的互动和冲突，展现了复杂多变的世界观和丰富的角色设定。而人类少女伊琳误打误撞将困于陨石里的精灵拉法尔解救出来，并帮助他寻找精灵的“叛徒”希尔弗。一路上，他们先后结识了队友盖尔、娜娜，经历了许多惊心动魄的冒险，也三番五次地与各种势力交战。但在偶遇希尔弗的那一刻起，拉法尔觉得自己似乎看见了不同寻常的真相，也揭开了一个隐藏上百年的阴谋。
超级飞侠启程前往遥远的行星寻找可以修复超级空间站的特殊矿石“星核”。但在修复的过程中，星核遭遇撞击碎裂，碎片散落在世界各地。由于星核隐藏着巨大的能量，地球的动物收到星核的影响变得异常。乐迪、小爱以及伙伴们为了寻回星核碎片和消除星核造成的影响，将连同史前救援队和新的动物飞侠一起，去解决星核及金小子带来的种种困难。
