苏临晚穿越成臭名昭著的稀有向导，原主以摧残哨兵精神力为乐。她连夜逃出基地，只想在荒星苟活。可那些曾被伤害的哨兵却一个个找上门，眼神再没了恨意。她用耐心与善意帮他们安抚精神体，没想到这群桀骜不驯的“疯批大佬”全乖了。她叹气：我只想苟活，怎么就成了全星际最野的驯兽师？
暴雪天微服出访的楚渊，偶然发现流放官员陆长风所建黑石堡，堡内地暖、温室、平价医馆等工业设施让他惊叹。二人查出首辅联合总兵垄断煤炭、制造京城煤荒的阴谋，总兵随即率军围城灭口，楚渊与掌握工业基建、心怀百姓的陆长风联手，共抗奸佞大军。
第二部剧情自力石死后矢吹丈终于东山再起开始，到原作的最后与孟德萨拉之战中，矢吹丈“化为白色的灰烬”结束
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
