前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
十五年前，丁晓前世在与白衣古神的旷古决战中殒没。十五年后，丁晓七岁结灵胎，特招入镇灵司，却被判定为废相而沦为背棺人，八年来受尽冷眼。镇灵司分为八部，而灵部与归部夙怨颇深。机缘之下，丁晓觉醒了相力，在考核赛中成为了归部的英雄，也成为了灵部的眼中钉。与此同时，各地起煞事件越来越频繁。为救妹妹丁灵的怪病，丁晓再次踏上了度化灵煞的征途，随后被卷入到一场惊天阴谋之中，幕后黑手也渐渐浮出水面，而这一切似乎与丁灵的怪病有关。
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