《铠甲勇士酷垒积木大作战》讲述的是智勇双全的铠甲勇士捕将与来自外太空的僵魁大军斗智斗勇的故事。当筱筱有难时，卡魄与帝狮将齐心协力英雄救美，黄蜂将与王鲨将联手上演了一场险象环生的争夺能量石之战！天蝠驹空中解救人质大快人心，在最终的火山大决战中，作恶多端的僵傀大军，发动了地面与空中的火力，铠甲勇士们将使出什么绝招来迎战呢，让我们拭目以待。
圣迹之地选拔赛结束后，周元和夭夭前往苍玄宗。入宗要先做外山弟子，再参加选山大典，根据成绩选择苍玄七峰，成为正式弟子。 周元和夭夭成为外山的一等弟子，并一一化解敌人的刻意刁难，显露自己的实力。同时，他们与沈万金、顾红衣等人结为好友。 选山大典，周元力压各路天骄，勇夺第一名。但让众人震惊与不解是，周元选择了苍玄七峰里最弱的圣源峰。 这是因为在圣迹之地时，前任宗主苍玄老祖指引周元前往圣源峰寻找苍玄圣印的第二道圣纹。 圣源峰资源匮乏。周元为获取修炼资源，主动请缨参加紫源洞府的资格赛。在获得了洞试资格后，与夭夭一同前往源池历练。
动画以被神秘的外星人德拉克特毁灭了几乎所有人类的地球为舞台展开。过去人类为了躲避外星人而藏身的避难所伊克西亚，毁灭之日的记忆被抹去的居民们什么都不知道地过着普通的生活。但是住民中也有一部分的“被选中的人”们，驾驶着名为罗格的巨大机器人与外星人战斗着……
