实验室爆炸,现代灵魂意外坠入大秦,附身身陷天牢的长公子扶苏。朝堂之上,始皇震怒,因扶苏力护文脉、顶撞君威,将其囚禁。帝王要肃清六国邪书、稳固新政,并非毁典籍,却遭扶苏误解。嬴政下最后通牒:令扶苏亲督整肃,事成则赦,不从则严惩。
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动,人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了,并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了,人类取得了巨大的突破,开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心,向太空进发,人们将此称为新领域的时代。但与此同时,一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信,是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球,在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
一位吸血鬼贵族卡迪斯·艾特拉马·迪·莱杰罗在沉睡了八百年后,被一个叫UNION的组织用某种手段,让他苏醒了过来。