民国4年，袁世凯意图称帝，政局动荡是年秋，吴淞镇大火，灾民数以万计，本就鱼龙混杂的吴淞镇显得更为动荡不安。因地方善款筹集，吴淞镇重修居民，却在某宅架梁时出现意外，期间爆出一具男尸，其状诡异，引得镇上流言纷起，镇民惶恐，募资请僧道做法驱邪超度，期间亦有江湖术士混事，搅得镇上一派乌烟瘴气。镇保卫团团长陆悦戎行伍出身，最是不信神鬼之说，，见此情形不由大怒，一面下令驱散僧道术士，一面差人找来镇上义庄仵工吴云根、柳归元师徒，命其验尸查明死因，以正视听。镇上落魄乡绅少爷石乐志少年游历颇广，得知此案后便赶来查看，又见陆香邑在场，欲有所表现，当下一味指点评说，言语间对吴云根、柳归元师徒颇为不屑。吴云根对此不以为意，自顾检验死者身上的绿芽，神情颇为震惊，继而借故推托似有隐情，期间语焉不详。
故事背景在1915年京杭大运河上的窑湾古镇，坊间传言青陶龙鼎在窑湾古镇现世，于是一心复辟帝制的封建余孽，外国文物贩子，护国讨袁的爱国人士纷纷来到窑湾，掀起了一场寻宝，夺宝，护宝的传奇。
Bones的创作灵感来源于法庭人类学家和长篇小说家Kathy Reichs的真实生活。主人公Brennan博士是一名法医人类学家，为杰斐逊实验室工作，并以写作小说为副业，因有着特殊的才能，能根据受害者的尸骨找到常人难以发现的线索。而被法院强制她协助警方侦破那些因尸体严重腐烂、烧毁或被破坏而使得普通的尸检方法无能为力的凶杀案件。
女捕头李一月赴西北查案与北海龙三太子童灵相识互生情愫，却被上仙的心魔魇设计反目成仇。月老为保住二人性命，抹除其记忆，二人从此分离。三年后，李一月与童灵意外相逢，二人阴差阳错下再次爱上对方，并携手消灭魇、拯救人间。
毕业在即，实习生苏冉冉为了能够顺利告白，努力加入爱慕对象徐启恒所在的游戏公司，却在入职的第一天意外和公司的创始人——庄叙发生了冲突。在测评游戏之际，两人意外灵魂互换。面对苏冉冉的告白，庄叙抱着作弄人的心态答应，而此事让只把苏冉冉当妹妹的徐启恒很是苦恼，为了把伤害降到最低，两人不得不将错就错。可在与苏冉冉的朝夕相处之中，两人都与这个女生发生了奇妙的化学反应。与此同时，苏冉冉也逐渐察觉到了异样，真相揭露之余，三人的感情将何去何从......
