该剧以一场波澜壮阔、跨越时空的战役，描述了神奇的宇宙轮回。 精彩刺激的打斗场面，拥有崇高信念和无限潜能的超兽战士英雄，演绎了一场拯救宇宙的圣战。
《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
神启大陆灵气复苏，妖魔肆虐而出，无数势力分崩离析，席卷整个大陆，人族没落民不聊生。因遭陷害而沦为武道废人的神级炼丹师秦风，重回少年时期，凭借前世经历，运用丹道优势推动武道修为。这一世，他不会再让历史重演，誓要守护他爱的人，将一切邪恶消除，登上前所未有的巅峰！
故事发生在樱丘高中，围绕着由五个成员组成的轻音部展开。这支名为“放学后茶会”的乐队中，担任吉他和主唱的是天然呆少女平沢唯（丰崎爱生 配音），担任贝斯手的是稳重但容易害羞的秋山澪（日笠阳子 配音），担任鼓手的部长，是非常有活力的田井中律（佐藤聪美 配音），温柔热情的键盘手是琴吹紬（寿美菜子 配音），吉他手是学妹中野梓（竹达彩奈 配音）。新学年开始，除了小梓，大家都升上三年级，还被分到了同一个班级。然而要是再不招揽新成员入部，来年四名成员毕业离校，轻音部就要面临废部的命运了。
