新学期开始，升入六年级的小朋友们迎来了一位新老师阿久津真矢（天海祐希饰），第一节课，不苟言笑的真矢老师便发了一通关于社会不公和残酷性的评论，表示今后要在班里实行差别待遇，唯一的衡量标准是每周的考试成绩。神田和美（志田未来饰）对老师的高压政策十分不以为然，她和捣蛋鬼真锅由介（松川尚王留辉饰）总是和老师唱对台戏，而后果就是被整得死惨。在一次惩罚中，优等生进藤光（福田麻由子饰）为和美求情，却被真矢一起惩罚。不久，光也加入到和美的队伍中，三人一起反抗老师。真矢冷酷无比的教育方针渐渐引起所有同学的恐慌，他们计划着共同推翻真矢的管制，让她下台……
一名记者在阿拉斯加寻求一个新的开始，为安克雷奇的一家报纸工作。
主角·山本大介在年幼时因飞机失事而流落南美的亚玛逊河流，但奇迹的是他能够靠自己一个人生活下去，更在森林中练就一身钢铁般的身躯。但此时邪恶组织·基度想利用古代印加文明征服世界，为了对抗基度，古代印加文明的承继兼守护者巴哥长老对山本大介施手术，并于左臂殖入印加秘宝叽叽腕轮，将他改造而成的神秘战士蜥蜴改造人·假面骑士亚玛逊。大介之后回到日本欲查明自己身世，进而展开与入侵日本的十面鬼率领之基度组织对抗的命运。
