前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
电视动画《圣痕炼金士》改编自吉野弘幸原作、佐藤健悦作画的同名漫画。在漫画杂志《Champion RED》2009年7月号（2009年5月19日发售）上，发表了《圣痕炼金士》TV动画化的消息。电视动画于
无限可能性扩大的VRMO-PRPG”电弧·地球在线“。
曾经的一场人魔大战令两方人马都元气大伤，如今，战争的硝烟已然散去，却遗留下了诸多的难题要一一破解。人类为了赢得战争而锻造了大批拥有强大力量的武器，人们称之为“神诲魔械”，战争结束后，这批破坏力强大的武器的去向则成为了需要解决的首要问题，大家都同意将它们交由护印师来保管。
