《命运石之门第二季》主人公冈部伦太郎经历无数的苦难，跨越了尽头悲哀的放弃了挽救“她”的世界线的故事。 失意至底的冈部伦太郎。 被“封印”的“凤凰院凶真”。 担心他的伙伴们。 新登场的角色们。 未被拯救的“她”到底怎么了？ 《STEINS；GATE》中没有登场的新的角色迎来被描绘的“0”的故事。 是的，那里的“她”现在也在——
自从连接异次元与当前世界的通道“门”突然出现后已过去十余年，世界上出现了被称为“猎人”的，觉醒了非凡力量的人们。某一天，遭遇了隐藏在低级地下城中的高级双重地下城后，身受重伤濒临死亡的水篠旬面前出现了神秘的任务窗口。死到临头，决定接受任务的水篠旬，成为了唯一能够「升级」的人——
一群生物的搞笑冒险：一根树枝、一块鹅卵石、一片树叶和一颗草莓，它们生活在一个凌乱的后院，后院的主人是三个同样凌乱的人，他们误以为这些人是神。
奥斯卡（田岛令子 配音）是名门之后，由于家中没有男丁，于是从小就被当做男孩养大。十四岁那年，奥地利和法国进行政治联姻，奥地利公主玛丽（上田美由纪 配音）即将嫁给法国王子路易（安原义人 配音），父亲将奥斯卡送入了宫殿侍卫队，赋予了她保护玛丽的重任，只为了家族能够在腥风血雨的宫廷斗争之中拥有自己的一席之地。之后，奥斯卡和玛丽结识了年轻的菲尔逊，两人同时爱上了这位风度翩翩的贵族，然而，菲尔逊选择了玛丽，他对玛丽的爱如此真挚和深沉，奥斯卡将这一切看在眼中，痛苦万分。皇帝去世，路易登基，玛丽因此成为了皇后，而她和菲尔逊之间的韵事已经逐渐无法再隐瞒下去。
