每当人类被负面想法控制，就会形成一种黑念水晶，如果黑念水晶没有被及时消灭，人类就会变成可怕的暗化者！为了阻止墨莉娜公主借助黑念水晶摧毁人类世界，三名梦奇拉精灵找到三位性格各异的女孩，让她们变身成梦奇拉少女，对抗永叹王国的邪恶力量，净化被蛊惑的人心，守护人类世界。
墨家子弟——墨小羽被制成秦俑封存千年，苏醒时来到了现代都市。这座充满欲望的城市，蛰伏着窥觊活俑的各方势力。秉持着墨家侠义的秦朝少年，又将在现代都市展开一段怎样的神奇旅程……
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
美星、小月、菲洛三位魔法少女历经环境与人事变迁后，各自走上截然不同的职业道路。这时，由王子所建立的“星阁”正好面临着重组王国王庭的局面。却不料，重组过程中各方势力纷纷展开波诡云谲的斗争，美星、小月、菲洛在家族与权威力量的影响下，被卷入这场角逐，不得不为各自家族的利益而明争暗斗。最终她们在无止境的斗争中寻回真挚的...
