在第三季中，乐佩回到了科罗娜王国，拯救自己的父母和瓦里安的父亲，经过一系列冒险终于准备好正视卡桑德拉的背叛和Zhan Tiri的邪恶计划，一场大战一触即发。
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
全世界出现大量名为““地下城”的异空间，里面有成群的怪物。一时间，冒险者攻略地下城，成为一夜暴富的新途径！而解锁了隐藏职业「死亡行者」的我，成为传说级冒险者应该是理所当然的吧？
