新的一年，象牙山村悲欢离合的故事继续上演。长贵（王小虎 饰）为救小梁溺水身亡，愧疚满怀的小梁执意要认大脚当干妈。大脚悲伤挠头之余，还不得不一次次张罗给青莲介绍对象的事。谢广坤（唐鉴军 饰）一直为孙子大业发愁，眼瞅着小蒙生育无望，他想出抱养的点子。抱了外孙女的刘能（王小利 饰）趾高气昂，时不时调侃老四（刘小光 饰）和广坤，还为竞选理事会长大费周章。山庄那里也不闲着，保安队长晓峰自信心膨胀，令刘大脑袋（刘流 饰）和王大拿（赵本山 饰）焦头烂额，而久未露面的王木生（田娃 饰）突然回归，又使得山庄的权力斗争和家族内务波谲云诡……所有人的命运都发生着变化，他们的生活将呈现怎样的格局？
宋慈（何冰 饰）参加京试中了进士，预备返家完婚后随同科好友孟良臣（吴军 饰）赴边城。岂知，直至完婚那日，宋慈父亲宋巩依旧未归家。两位新人正拜堂之际，一辆马车却载回了父亲的遗体，宋巩一生从事刑狱审戡，从未出错，却因一次误判人命功亏一篑，这是以死谢罪，还留下遗书禁止宋门后代涉足刑狱。岂料，祸不单行，孟良臣在上任途中被谋杀的噩耗传回。在母亲的劝导下，宋慈动身边城，为挚友查明了案情，还它清白。由此，宋慈被破格提升为大理寺正六品主事，后又被任命外省提点刑狱。宋慈接连查明侦破了“太平县冤案”、“李府连环案”、“毛竹坞无头案”、“城南井尸案”、“遗扇嫁祸案”、“梁雨生命案”、“李玉姑失踪案”等一桩又一桩的悬案……
第六季中，故事始终以两条叙事线索展开。其中一条，他们在岛上。另外一条，他们也坐过那班飞机，但飞机没有出事，因此每个人都在岛外过着完全不同的生活。戴斯蒙发现两个世界之间的连接点，他于是一个个地去找那些曾经同机的人，用各种极端的方式让他们“回忆”起在岛上那段其实他们并没有经历过的日子。很多从不相识的人因此走到了一起，相爱，幸福地生活在一起。而在岛上，他们早就因种种缘由失去了彼此。最后，杰克在父亲的葬礼上见到这些同伴们幸福的笑脸，他也笑了。一直以来在宿命和责任中挣扎的杰克，在“醒”来的那一刻，真正解脱了。
小丽从昏迷中醒来，发现自己被吊在绳子上，她环顾四周，周围吊了很多人。大家一个个醒过来，惊恐的看着四周，怎么也想不起来她们是怎么来这里的。其中小智提议大家回忆一下是怎么来的，于是大家开始回忆自己之前遇到的光怪陆离之事。有人遇见了巨人，有人偷盗遇见了可复制的碗，有人回家发现家里还有另一个自己，有人循环在可怕的梦里，有人因为贪念使自己深爱的女人被害，有人可以长生不老。这些故事的背后，都指向了那个奇怪的碗，它就像一个毒瘤，破坏了整个社会的平衡，而这个社会，其实只是程序员研发的一个程序。
