天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了
在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“深渊”。不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，栖息着奇妙奇怪的生物们，沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。“深渊”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，陆续得到了“探窟家”的名号。
2772年，一颗来历不明的流星撞击地球，彻底改变了地球和部分居民的生活。经典动画《乐一通》人物的后代也参与其中，他们成为了拥有超能力的英雄，却依然保留着祖先古怪的性格。
雪男向燐告别，前往光明会。为了面对追求力量和真相的雪男，燐下定决心要了解他们出生的秘密，在梅菲斯特的引导下踏上了过去的旅程。 燐沿着养父藤本狮郎和亲生母亲尤里·埃金的足迹前行，但两人所走的道路超出了想象的艰辛—— 为什么恶魔之神撒旦与人类之间会诞生孩子？ “蓝色之夜”究竟是什么？ 当一切真相大白时，燐将给出怎样的答案…… 故事终于揭开了《青之驱魔师》的核心——
