上一场激烈的战斗已经结束了数千年，邪恶的金翅雕被封印在高塔之内永世不得翻身，为了重新获得自由，它复活了自己的爪牙蛇妖和蝎妖，又将葫芦山炸成七块，令葫芦兄弟们四散各地不能团聚。之后，蛇妖和蝎妖奉金翅雕之命找到落单的葫芦兄弟们，决心将他们逐一消灭，以实现金翅雕统治世界的野心，葫芦山神得知了这一可怕的阴谋，复活了爷爷。就这样，爷爷踏上了寻找葫芦兄弟的旅途，而失散的葫芦兄弟们则失去了记忆。爷爷必须快马加鞭，和时间赛跑，赶在妖怪们之前找到葫芦兄弟，与此同时，已经忘记一切的葫芦兄弟是否会想起从前，担负起拯救苍生的伟大重任呢？
斯派罗试图证明自己像其他 Skylanders 一样拥有超能力，但当他们陷入危险境地时才意识到自己的力量。
个性活泼开朗有时候显得有些大大咧咧的水无月遥（田村由加莉 配音）、成熟稳重颇具大小姐风范的神无月葵（能登麻美子 配音）、从意大利转学而来的天才少女叶月胡桃（钉宫理惠 配音），活泼可爱的三人平日里在学校中是无话不谈的好友，过着平凡的校园生活，但每当夜晚来临，她们便会变身成为拥有超能力的魔法少女。三人的目标，是寻找价值连城的天使像，邪恶而又贪婪的地下拍卖组织Black auction得到了它，企图通过它来牟取暴利。成绩优异的学生会长如月唯人（桧山修之 配音）、随叫随到的万能管家长月平之丞（清川元梦 配音），是他们在背后默默的支持着少女们。
三年级小学生旋风刚转学，来到新城市，发现这里的人都非常沉迷陀螺竞技，并人手都有名为斗魂仪的陀螺竞技系统。有一天，旋风意外得到了一个魔幻陀螺，并发现了其中有生命的斗兽魂焰天火龙王。在陀螺竞技的过程中，旋风发现了陀螺制作公司的阴谋，并认识了左影、卡隆等魔幻陀螺手。为调查创幻公司背后的阴谋，旋风决定和伙伴们一起参加魔幻陀螺战榜巅峰赛；同时，一个神秘的面具人出现了，四处控制魔幻陀螺手，收集魂力值，意图觉醒超级斗兽魂。究竟谁是面具人，旋风和小伙伴们能不能冲击上榜，又能不能打破创幻公司的阴谋。
