基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！
扎克是一名十几岁的男孩，他戴着父亲的一条项链去冲浪，不料被巨浪卷入海中，最后奇迹般被一艘海盗船救起，来到了百慕大三角，海盗船上有一把会说话的神奇宝剑。扎克发现父亲的项链叫做贝鲁之眼的神奇宝石，可以赋予他强大的力量，想要回家，就要变成海盗船船长征服七大洋。为此扎克组建了一支团队：一个鬼男孩，一位亚特兰蒂斯公主，一个维京人还有一个外星人，他将面临的是激烈的海上冒险和意想不到的挑战，从中让自己变得更强大。
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风太郎和五胞胎的高中生活只剩下半年，最后的暑假就要开始了。为了集中精力学习考试，风太郎告诉五胞胎暑假期间不做家庭教师的兼职。因为暂时见不到风太郎而悲伤的五胞胎，突然收到了风太郎打来的电话……。
