故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父 ( 睡神修普诺思) 的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘少女，自此亚伦的身体开始发生了变化。
这是一个神奇的火车世界，里面生活着许多火车居民，还遍布着无数蜿蜒曲折的铁路和大大小小的隧道，这些铁路和隧道不仅连接贯通了中心广场和各个村庄，还帮助火车世界源源不断地运输能量。可是，在火车世界里，还生活着一群邪恶的捣蛋派，他们总是惹是生非，给火车世界的居民们带来各种麻烦，还总趁超能火车们不注意，偷偷窃取各个地方的能量球，搅得火车世界很不安宁。面对各种各样突如其来甚至意想不到的危机，勇敢无畏的超能火车嘟宝与他的朋友们勇敢地站出来，变出各种酷炫的装备，为拯救火车世界与捣蛋派斗智斗勇。
