故事发生在彩玉大学的理科研究室内，冰室菖蒲（雨宫天 配音）和雪村心夜（内田雄马 配音）是在这里工作的两名研究生。某日，让心夜没有想到的是，自己竟然收到了菖蒲的告白。所为万事以科学为上的理科研究生，对于爱情自然也要用符合逻辑的证据去证伪，为了证明菖蒲对自己的爱确有其事有迹可循，心夜带领着整个实验室开始了对爱的实验。每天都像佣人一样被使唤来使唤去的解说员奏言叶（原奈津子 配音）、性格反复无常，过于以自我为中心的棘田惠那（大森日雅 配音）、表面看来是个不良少年，实际上却是个死宅的犬饲虎辅（福岛润 配音），陪着菖蒲和心夜进行爱情实验的是这些可爱的研究员们。
经历了惊心动魄的沙鲁之战，Z战士更新换代。地球在孙悟饭（野泽雅子 配音）和朋友们的守护下，迎来了七年漫长而又短暂的和平岁月。已变成俊朗青年的每天往返于学校，在此期间结识了撒旦的女儿比迪丽。伴随着全世界的呐喊，阔别已久的天下第一武道大会宣布再度召开。悟饭、比迪丽、18号悟天、特兰克斯甚至从另一个世界告假而来的孙悟空等Z战士高调参加比赛，令坐享其成的撒旦战栗不已。而在赛场上，两名奇怪选手的加盟则拉开了地球新一轮危机的帷幕。在此之后，来自外太空的邪恶魔法师巴菲迪登场，他利用邪恶手段复活了被界王神封印的恐怖对手魔人布欧（盐屋浩三 配音）。Z战士的最恶之战，地球危在旦夕……
在青铜圣斗士与冥王哈迪斯的殊死决战中，为了大地上的爱和和平，已经去世的十二黄金圣斗士齐齐复活，用他们最后的信念与力量打通了叹息之墙，从而完成了自己作为女神的圣斗士的使命。不过黄金圣斗士的故事并未就此结束，狮子座艾欧里亚等人不知为何来到了北欧，与之邂逅的莉菲雅认为黄金圣斗士的出现是天神奥丁的旨意。此前安德烈亚斯•里瑟篡夺了希路达人间使者的职位，伙同七名神斗士复活世界之树，企图统治全世界。而另一方，黄金圣斗士们则希望尽快回到女神身边，与哈迪斯完成决战。这是一篇失落已久的故事，是另一段不容错过的传奇……本片是车田正美经典作品《圣斗士星矢》连载30周年纪念作品。
斯派罗试图证明自己像其他 Skylanders 一样拥有超能力，但当他们陷入危险境地时才意识到自己的力量。
