十万年前，忘仙宗老祖陈玄无敌于天下却在巅峰时退隐，无人知晓，他是因系统金手指故障无法继续突破，担心晚节不保，才隐居世间的。某天，宗门后代女弟子前来求救，却让系统成功重启。只要培养后代，他可以继续变强，可以继续独断万古！躲了十万年的玄天帝，带着全新的金手指出山了。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
