作品主要讲述了某天，一款掀起大热潮的VRMMORPG「YGGDRASIL」原本会停止一切服务，但即使过了结束时间，玩家也不会退出游戏，NPC也有了各自的思想。现实世界中喜爱电玩的主人公铃木悟（真名）在等待系统强制登出时，与“安兹·乌尔·恭”公会的成员意外穿越到了异世界，并且自己还变成了拥有骷髅外表的最强魔法师——“飞鼠”。就这样，真正的奇幻传说正式拉开帷幕。
藤原拓海由于不败的战绩，必然会受到新的挑战。《头文字D》的第二部着重突出拓海的成长，当然不乏激烈的挑战。最经典的要数赤诚和依吕波山路两位老大的比拼。年轻的拓海在爱情上触了礁，在输给帝王车队的lanEvo 3后，拓海遇到了人生的挫折，对自己和AE86产生了怀疑，AE86真的有足够的实力吗？AE86的重生来自拓海的爸爸文太，他为AE86改装了赛车用引擎。同时，拓海遇到了同样是AE86的强劲对手秋山涉。有意思的是比赛规则是在同一赛道两车来回追赶，直到其中之一能超越对方为止，既要技术又考耐力。胜利让拓海继续接受这辆AE86和重拾信心回到车手的生涯。
