美乐蒂在玛莉田园开了一间蛋糕店，但自从她在森林里碰见一颗心脏后，周遭就开始接连发生怪事。与此同时，酷洛米开在对面的和菓子店总是生意惨淡，于是她决心弄清楚美乐蒂的蛋糕有什么秘密。美乐蒂和库洛米为了甜点大赛努力准备，要在国际级甜点名厨皮斯塔齐奥面前拿出好表现。不过，没人料得到这场比赛竟会牵扯出攸关玛莉田园命运的大事件。
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故事发生在白垩纪营地事件发生六年后，“努布拉六人组”的成员们努力在岛屿上站稳脚跟，在一个到处都是恐龙和想要伤害他们的人的世界中摸索。悲剧发生后，这群人重新聚在一起，却发现自己陷入了逃亡，并被卷入一场全球冒险，以揭开威胁恐龙和人类的阴谋，并最终了解他们中一个人遭遇的真相。
天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了
