曾经的冥界第一战神，转世成为平庸高中生。但宿命的齿轮转动，在天道崩坏、邪恶临世之时，他要重披战甲，在高冷女神黑无常的指引下，斗五方鬼帝、战十殿阎罗，王者归来，打穿三界，制霸天下，重整轮回，唯我独尊！
架空战国时代的日本被未知生命体“鬼神”统治已有150年，唯有“武士团”反抗其统治，一直不懈抗争。武藏和小次郎也曾向往着武士，发誓有朝一日结成最强的武士团。可是，他们所生活的城镇却将鬼神奉为神明，将武士视为异端。武藏只能将梦想藏在心中，直到有一天，他遭遇了人类被鬼残忍杀害的一幕。为了重拾与小次郎的誓言，武藏向强大的鬼发起了挑战…！
30年前，未知的“侵略性外来生物”突然出现，世界曾一度濒临毁灭。人类与这些被称为“侵略种”的生物相互争夺生存空间。虽然目前人类的安全勉强得到了保障，但世界随时可能走向终结。人们在恐惧死亡与毁灭的同时，只能对危险和灾难视而不见，麻木地过着日常生活。在这样的世界里，联合国危险生物调查机构“EXCEEDS”为了抵御“侵略种”带来的危机与灾害，开始了行动。故事的开端位于远东的岛国“瑞穗”。一位在离岛上生活、以驱除“侵略种”为业的猎人少女——久濑椎名。她唯一的愿望就是与家中唯一的亲人妹妹刹那平静地生活下去。然而，降临在椎名身上的事件究竟是——？
斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
