自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除，世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大，为此政府组成了新组织4C，秘密驱除Amazon化的人类。其中，幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是，变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优，他第一次没有产生“想吃”的想，并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后，作为Sigma型而复活的Amazon。
本剧讲述了哥哥洸人与泛自闭症的弟弟美路人相依为命。配合着只要在固定作息中就能无碍生活的美路人，洸人风平浪静地过着稳定无事的日子。有一天，在两人的身边，突然出现了一个自称“狮子”的小男孩，而他们不得不收留了他，故事由此开始。虽然还不习惯，但在与“狮子”三人一起生活的过程中，兄弟俩明白了他被寄养的背景和“某个事件”有关，从此平静的日子开始被暴风雨般的漩涡吞没。
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暗藏惊天秘密的一家人在马德里重新开始。在那里，新的人际关系使他们的计划变得复杂，而这家人也开始遭受往事的困扰。
公元370年冬，前燕灭亡，王室宗族及鲜卑遗民共计四万余人尽数迁往长安。前秦天王苻坚接受慕容氏族人的乞降仪式时，将清河公主和慕容冲一并留于后宫。二人深感留在秦王宫的屈辱与恐惧，为了复国，姐弟开始积极谋划逃出秦王宫。在外，他们借助发小阿雪，慕容永发展莫谷帮的势力。对内，通过一系列计谋成功挑拨苻坚与王猛的君臣关系，令苻坚疏远王猛。最终，姐姐清河公主以牺牲生命的代价帮助弟弟取得苻坚信任，苻坚同意外放慕容冲。慕容冲主动选择去平阳任太守。上任之路，慕容冲遭到不明追杀，他巧妙躲过，并且将计就计嫁祸王猛，令苻坚与王猛彻底决裂。慕容冲表面上在太守府无所事事，实则暗中联络莫谷帮，为复国积攒实力。为了加快步伐，他故意写信激怒苻坚，令苻坚提前发动淝水之战。苻坚大败，仓皇逃回长安。慕容冲等待的时机终于到来，他联合四哥慕容泓起兵反秦，一路长驱直入，进逼长安。
