天才脑科学家白月魁为救恩师霍恩进行了脑移植术，却不想霍恩受到西弗残存意识的影响......琼斯盗取了天使再生剂注射到19号实验体上引起了一系列异变。同一时间，久川市因为瘟疫感染变成了一片人间炼狱，市长白靖宇和人工智能ASH为了抵御联盟的入侵誓死不降，却不想等到一切尘埃落定之时，真正的末日却来临了
日本东北地区的某座深山里，国中生小町在一间祭拜熊的神社中，担任巫女的重责大任。有一天，小町对监护人，也就是名为那津的熊说：“我想去念都市的高中。”为了能够让不经世事的小町，拥有在都市中生活的基本能力，那津展开了一连串的试炼，要求小町通过考验。
