跟随年轻的勒罗伊·杰思罗·吉布斯 （Leroy Jethro Gibbs） 在 NCIS 彭德尔顿营办公室开始他的职业生涯，成为一名新特工。
继续上一季的结局，Jericho和New bern之间的争斗被号称第10山地师的美军强行镇压，同时Robert Hawkins继续在自家保存着唯一的核爆证据，试图联合Jake澄清这一系列事情的真相。
纽约长岛小镇绍索德 (Southold) 夜出异象，一架小型飞机坠毁于佩康尼克湾 (Peconic Bay)。警长乔·埃文斯 (Jo Evans) 在事故现场发现一名神秘小女孩，她好心收留并为其取名派珀 (Piper)，殊不知自己已被卷入一场超乎想象的阴谋。
