故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，一名外星人意外从宇宙坠落，他手持有着象征身份的红色宇宙回旋镖“奥美迦头镖”，并有着“究极”的称号。失去过往记忆的外星人 “奥美迦” 化身为地球人模样，被人称为“宙人”。初到地球的宙人，对人类充满好奇，积极主动地接触和了解这些陌生的生命体。当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人认出这些生物正是记忆中的 “怪兽”。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽展开战斗。
这部昔日的CBS旗舰剧集已经失去了一个好汉（Charlie Sheen被开除，Charlie Harper也随之死亡），现在又将失去半个好汉——因为种种原因（如果你相信CBS官方所说的「他要读大学」那你就太天真了），Angus T. Jones不再是该剧的常规演员，他的名字也将从片头字幕中彻底抹除。
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妻夫木聪饰演的波佐间永介白天是糕点师，实际是带领一支拥有过人手术技术但费用高昂的地下医疗团队的队长ace，为被放弃的患者进行手术。藤原龙也饰演他的搭档，被称为joker的国际律师山田让，负责与患者进行交涉。松下奈绪饰演技术一流的手术护士依田沙姫，日向亘饰演天才黑客白濑刚人。
