故事发生在20世纪30年代的川藏一带，中甸地区的草原上，彪勇孔武的青年扎西平措（胡歌 饰）纵马奔驰。童年时发生在母亲身上的悲惨一幕，让怀着报仇念头的他跟随虫草老爹进入九龙湾当了马贼。成年后，为了救回被人抓走的虫草老爹，扎西劫走了土司多吉（巍子 饰）及其女儿勒仓卓玛（王力可 饰）。这是一场由阴谋导致的误会，却让青年和美丽的卓玛结下不解之缘。大时代背景下，川藏自然无法偏安一隅。中甸国民政府县长王大隆妖魔化共产党，策动多吉的弟弟桑吉（多布杰 饰）篡夺土司位置，阻止红军进藏。
主角·山本大介在年幼时因飞机失事而流落南美的亚玛逊河流，但奇迹的是他能够靠自己一个人生活下去，更在森林中练就一身钢铁般的身躯。但此时邪恶组织·基度想利用古代印加文明征服世界，为了对抗基度，古代印加文明的承继兼守护者巴哥长老对山本大介施手术，并于左臂殖入印加秘宝叽叽腕轮，将他改造而成的神秘战士蜥蜴改造人·假面骑士亚玛逊。大介之后回到日本欲查明自己身世，进而展开与入侵日本的十面鬼率领之基度组织对抗的命运。
