社会在“前所未有的大灾难”的冲击下持续动荡不安。住在东京的青年浅野铃四郎有一个难以启齿的秘密，就是他可以暂停时间的流逝，拥有停止时间的力量。直到有一天，浅野铃四郎遇到了拥有同样超能力的少女桥本荠，并在得知桥本荠的能力被利用于犯罪行为后，冲动地帮助了身陷囹圄的她……
个性活泼开朗有时候显得有些大大咧咧的水无月遥（田村由加莉 配音）、成熟稳重颇具大小姐风范的神无月葵（能登麻美子 配音）、从意大利转学而来的天才少女叶月胡桃（钉宫理惠 配音），活泼可爱的三人平日里在学校中是无话不谈的好友，过着平凡的校园生活，但每当夜晚来临，她们便会变身成为拥有超能力的魔法少女。三人的目标，是寻找价值连城的天使像，邪恶而又贪婪的地下拍卖组织Black auction得到了它，企图通过它来牟取暴利。成绩优异的学生会长如月唯人（桧山修之 配音）、随叫随到的万能管家长月平之丞（清川元梦 配音），是他们在背后默默的支持着少女们。
