距今50年后，地球被恐怖的宇宙种族袭击后的世界。在天空核心军士官学校当清洁工的少年斯坦福・悠，有一个无论如何都想实现的梦想。那就是成为为了从宇宙中拯救地球而来的巨大机器人，机器人·梅克的飞行员。不久，这个梦想变成了现实，斯坦福和他的同学们一起挑战从宇宙种族带来的新威胁中保护人类的战斗。
一年级的远野从东京转入深山里的全寄宿制男子学校“私立郁郁葱葱学园”。坦率地跟他打招呼的矢口，成为了他唯一的朋友。因为不擅长打球而加入了最轻松的摄影社，没有加入矢口所在的足...
在发现水下入口后不久，奥斯卡得知他的返程票是苏西的差事。
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今天，日高佐菜（立花慎之介 配音）回到了曾经居住过的小镇上，他即将在那个充满了欢乐回忆的地方开始新的生活。可是，今日的日高早已不同于往日，曾经饱受欺辱的日子彻底改变了他单纯的性格，更有一道永远无法抹去的伤疤要陪伴日高度过他的余生。
