故事发生在明治四十年（1907 年）在京都伏见居住的百川稻子什么都不擅长，每天都被父亲责骂，对于她来说的救赎就是祈祷神佛，某天一如往常她前往伏见稻荷神社参拜神明，遇到了一位自由奔放的少年坂本喜八，坂本喜八对稻子说不要信这些看不见的东西，从今之后将是电气时代。而此时稻子的 父亲对稻子说了关于结婚的事情，而且是父亲单方面决定的，稻子本来是放弃抵抗认为自己的价值就是如此，但坂本喜八打开了稻子想要离开这个家的心声，带着稻子离开了这个封闭的家。阻止结婚的方法是找出奇书《二十世纪电气目录》，那是喜八童年时代写下的关于电气的预言书，而喜八过去的哥哥清六带走这本书之后下落不明，喜八和稻子为了寻找这本奇书在京都和滋贺等地逃窜，消失的“电气目录”和其背后隐藏的秘密都等待揭开。
喜欢天空，喜欢摄影的普通高中生森宫依人（冈本信彦 配音）和体弱的姐姐森工苍乃（中原麻衣 配音）相依为命。在一次拍摄天空的过程中，依人和命定的少女四方茉莉（能登麻美子 配音）相遇，这个活泼开朗的女孩让依人很有好感。因为一些意外，茉莉住进了依人的家，和依人的同学石月真名（本多阳子 配音）等也成为了好友。恰巧的是，真名的妹妹小依（清水爱 配音）和依人的姐姐苍乃住在同一家医院。于是，依人和真名等的联系更加紧密了。随后出现的一些事件，让依人认识到原来茉莉是传说中的“夜娲人”，拥有超强能力和不死之身，而许多事情的真相依人却还不知晓……
少年牧尘，资质卓绝，出生于北灵境九大域之一牧域。其父为牧域域主，其母身份神秘，在牧尘年幼时被迫离开，他立下誓言，要找回母亲。他凭借天赋被审判之镜选中进入竞技历练，在历练时救了陷入困境的少女洛璃，两人产生了懵懂的感情，相约以后一起进入北苍灵院。 作为北灵境独个能进入竞技的人，却在一年后因别人算计被诬陷为“灵路血祸”的凶手而被逐出比赛。不屈的牧尘机缘巧合下遇到九幽雀，获得神功。通过刻苦训练，参加学院面向牧域的海选，突破至尊境界并取得冠军，得以进入北苍灵院学习。 为了救母亲，牧尘要变得更强，他与九幽雀为了寻找能让自身进步的不朽图纸，闯入精彩绝伦的大千世界，来到疆域辽阔的大罗领域。在经历腥风血雨后，牧尘救出自己的母亲，消灭了为祸人间的邪族，从草根少年成长为撼动大陆、为善除恶的大英雄，同时收获了爱情和友情。 在《斗破苍穹之大主宰》第四季中，牧尘是否能参加圣灵山之争夺？与龙魔宫的恩怨能否解决？娘亲的身份？一切尽在《斗破苍穹之大主宰》第四季！
