经过一番激烈的搏斗，葫芦七兄弟团结一心，终于把蛇精和蝎子精打败，七兄弟化作七色奇峰，将妖精镇压山下。葫芦兄弟和妖精的战争惊动了住在山中另一边的青蛇精。青蛇精是蛇精夫人的妹妹，她比姐姐更加狡猾。得知葫芦山争斗的始末，青蛇精决定将葫芦娃们抓来炼成长生不老的七心丹，替姐姐报仇。
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
这里没有魔法，没有斗气，没有武术，却有武魂。唐门创立万年之后的斗罗大陆上，唐门式微。一代天骄横空出世，新一代史莱克七怪能否重振唐门，谱写一曲绝世唐门之歌？ 百万年魂兽，手握日月摘星辰的死灵圣法神，导致唐门衰落的全新魂导器体系。一切的神奇都将一一展现。 唐门暗器能否重振雄风，唐门能否重现辉煌？
15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。
