兽王因子悄然蔓延，炫卡斗士接连失控暴走。小俊邂逅神秘少女柯星蕾，携手应对失控危机。强敌狂犀力士降临，玄铁战神意外倒戈，危机空前升级。小俊与伙伴们能否以羁绊之力，守护家园和平？
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
烦恼星人入侵地球，制造各种各样的烦恼，让你起不了床，读书记不住，体重爆表！这些烦恼持续太久后，还会把你也变成烦恼星人，人类就此陷入灭种危机！幸好，钻石天文台智商500的女娃博士用“勇气”和“快乐”研制出了超迷你战士，用正能量帮助你打败烦恼星人！你是不是，有说不出的烦恼？呼叫呼叫！超迷你战士马上来到！
