《泡泡美人鱼》讲述了三名少女出海游玩时不小心掉入一座神秘古庙中央的水池，被月光照射而变成了美人鱼，从此拥有神奇的魔法，后来她们在朋友的帮助下，凭借勇敢和机智对抗幕后恶势力，保护蓝色海洋环境的故事。
御苑生奈奈子进入名校青兰女子学园开始了她的高中生涯，在那里她遇到了学校的风云人物折原熏和朝霞丽并与之成为好友。不知为何，全校少女向往进入的“女青社”社长一之宫露子对奈奈子多加照顾，盛邀她成为“女青社”的一员，这同时也激起了众人的嫉妒。丽的痛楚、熏的苦笑还有露子那捉摸不定的态度，一切都源于奈奈子给哥哥的信。
