历经百年的时光，将人类与外侧世界隔开的墙壁。在墙壁的另一侧，似乎有前所未见的世界延伸开来。火焰之水、冰之大地、砂之雪原……记载在书中的，尽是些激发少年探究心的文字。在时间流转，墙壁被巨人毁坏的现在，人类正一步步接近世界的真相。巨人的真实身份是什么？为何墙壁中会埋着巨人？巨人化的艾伦·耶格尔所持有的“坐标”之力是？以及，西斯托利亚·雷斯究竟知道这个世界的什么事情？在艾伦等104期兵的加入下，建立新体制的利威尔班。最强最恶的敌人，阻拦在开始行动的他们面前。
与七大不可思议中的第七号、“厕所的花子”中的花子君结下不解之缘的少女：八寻宁宁。驱魔师一族的少年：源光。两人与花子君一起，为了将发生异变的七大不可思议以及怪异的传闻恢复原状，每日奔忙不停。忽一日，花子君说道：七大不可思议中出了背叛者。宁宁等人为了找出背叛者，开始逐一摧毁七大不可思议的依附物。他们已经摧毁了第二号“岬的楼梯”以及第五号“16时的书库”，剩下包括“厕所的花子”在内的五个…而在暗中，花子君的弟弟司，召集了七峰樱、日向夏彦、以及新成为七大不可思议第三号“镜地狱”的三叶，接近了宁宁等人尚未找到的七大不可思议……
