故事发生在白垩纪营地事件发生六年后，“努布拉六人组”的成员们努力在岛屿上站稳脚跟，在一个到处都是恐龙和想要伤害他们的人的世界中摸索。悲剧发生后，这群人重新聚在一起，却发现自己陷入了逃亡，并被卷入一场全球冒险，以揭开威胁恐龙和人类的阴谋，并最终了解他们中一个人遭遇的真相。
这是一个跨越千年的故事。以表演人偶为生的青年国崎往人（小野大辅 配音）行走到了一个海边的小镇。四处游走的往人一直在寻找着“空中的少女”，这是往人的母亲逝世前曾一直对他说的话。原来流传着这样一个故事。有着翅膀的女孩被视为不幸的象征，终日被关在不见光的房间里，直到遇到那个命定的少年。二人就这样相爱了，但这恋情是不被允许的。于是女孩受到诅咒，陷入了轮回之中。往人在小镇里邂逅了少女神尾观铃（川上伦子 配音）。体弱多病的观铃和传说中的女孩极其相似。而他们的相遇如同千年前的那个传说，轮回的齿轮又开始了不休的运作…… 本片根据Key社著名的同名游戏改编，还有同名剧场版动画。
一群生物的搞笑冒险：一根树枝、一块鹅卵石、一片树叶和一颗草莓，它们生活在一个凌乱的后院，后院的主人是三个同样凌乱的人，他们误以为这些人是神。
