在末日世界，全球多个战区相继沦陷，华夏战区也岌岌可危。主角夜宁前世虽拥有神级天赋，但因被人暗中算计错过天赋测试，只能在末日艰难求生，家人惨死，自己最终也战死在首都防线。然而，命运让他重生回参加天赋测试的那一天，还意外绑定了末日剑神系统。系统赋予他将普通剑技强化为SSS级技能的能力。重生后的夜宁，凭借着前世的记忆和对危险的敏锐感知，迅速在天赋测试中崭露头角，展现出强大的天赋，引起各方关注。他加入了安全区的火种序列，开始接受培养，不断提升自己的实力。在这个过程中，他结识了志同道合的伙伴，共同面对末日中的各种危机，如变异体的大规模袭击、神秘组织的阴谋等。随着实力的提升，夜宁逐渐揭开了末日背后的真相。为了拯救人类，夜宁在战斗中不断突破自我，发挥出末日剑神的真正实力，最终成功战胜敌人，为人类迎来了新的希望。
斗罗大陆3龙王传说故事结束一万年后，冰化了，斗罗联邦科考队在极北之地科考时发现了一个有着金银双色花纹的蛋，用仪器探察之后，发现里面居然有生命体征，赶忙将其带回研究所进行孵化。蛋孵化出来了，可孵出来的却是一个婴儿，和人类一模一样的婴儿，一个蛋生的孩子。
随处可见的普通高中生——柏树朝。有一天5个来自世界各地的女生转来了他的班级：爱生、阿米莉亚、卡琳、伊莉雅、梦华。尽管跟她们的初次相遇可是说是非常糟糕，但放学后不知为何她们全员向朝表白了。虽然一开始拒绝了她们的表白，但是听到少女们「没有其他地方可以去了」的心声，朝心一软开始了同居。然而从那以后朝的非日常生活开始了。朝每天被采取离奇举动的少女所折腾。以及发生在身边的、难以想象的、不可思议的事情。然而，在这种可以说是异常的日子里朝与这些少女打成一片，心灵相通。在忙并快乐着的日子开始不久的某一个夏日。朝与阿米莉亚、卡琳、伊莉雅、梦华4人来到海边度假。然而阿米莉亚等人在朝的面前突然消失，留下的只有沙滩上的脚印。朝也因此感到十分混乱。此时在朝面前出现的是并没有参加度假的爱生。记忆混乱之时，朝忘记了阿米莉亚等人的存在，在海边的别墅内与爱生过着二人世界。然而朝对这一切逐渐产生了违和感。爱生察觉到了朝的困惑，为了阻止他胡思乱想，爱生将朝带到了某个地方。在盛开的樱花树下，爱生向朝表达了自己的爱慕之情。然而完全想起阿米莉亚等人的存在的朝，向爱生询问了大家的去向。下一个瞬间，一阵强风吹过，回过神来，爱生的身影已经不见了。取而代之的是一名少女。5名少女就这样消失了吗？出现在朝面前的名叫「爱」的少女到底是谁？她们与朝复杂的过去即将揭晓。
和泉（梅田修一朗 配音）是一个拥有不幸体质的男生，总是会莫名其妙的被卷入到各种各样的麻烦之中。虽然倒霉连连，但和泉性格乐观开朗，不管发生怎样的灾难，都不会唉声叹气。式守（大西沙织 配音）是和泉的女友，表面看来，式守温温柔柔，非常的容易相处，但一旦和泉遇到了什么麻烦事了，式守就会立刻改变往日的风格，露出让人意外的一面。
