前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
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故事发生在神世纪300年，表面看来，结城友奈（照井春佳 配音）是一个平凡的初中二年级女生，个性开朗热情的她是校园中的活跃分子，深受老师和朋友们的喜爱。可实际上，放课后的她还有着另一重身份——勇者部的部员。友奈的邻居兼好友，沉默寡言却意外的温柔的东乡美森（三森铃子 配音）、个性大大咧咧果断直率，却意外的擅长做家务的犬吠埼风（内山夕实 配音）、风的妹妹，像小动物一样惹人怜爱的犬吠埼树（黑泽朋世 配音）、看似桀骜不驯难以接近，实际上非常害羞傲娇的三好夏凛（长妻树里 配音），除了友奈，活跃在勇者部的是这些性格迥异的女孩们，她们所要面对的，是名为巴提克的强大敌人。
这里是，“人”“神”“魔”各个种族混杂在一起的神秘世界密斯塔尔希亚。快活的玛娜莉亚王国公主“安”，内向的龙族公主“格蕾尔”。自两人的相遇之后，玛娜莉亚魔法学院的生活开始了。
