成绩平平的少年林默，一次偶然在路上捡到一本尘封卡册，里面装满各式各样的学习神卡。记忆卡、演算卡、背诵卡、专项突破卡……每一张卡牌都能赋予超强学习能力，帮他攻克各科难题。曾经落后的他，借助神卡日夜勤学苦读，从班级中下游稳步崛起。面对名校学霸的挑衅、校园知识竞赛的 层层角逐，林默以卡牌为利器，以勤奋为铠甲，在一次次校园比拼中不断突破自我。
魔法——這不是傳說或童話的產物，而是發展至今將近一個世紀的現實技術。今年春天，持有施展魔法能力的「魔法師」培育機構「魔法科高中」，某位少女將入學就讀。容貌秀麗、完美無缺的優等生——她的名字叫「司波深雪」。深雪夢想著和一同入學的哥哥——達也過著親密的高中生活，但擋在她面前的是一科生與二科生——優等生與劣等生的高牆……!? 由愛慕哥哥之心更勝親情的妹妹——深雪的視角所鮮活描繪的，另一個「魔法科高中」在此上演。
