全世界出现大量名为 “地下城” 的异空间，里面有成群的怪物。一时间，冒险者攻略地下城，开启一夜暴富的新途径，而解锁了隐藏职业「死亡行者」的我，成为传说级冒险者应该是理所当然的…吧？
五十年前，龙城意外穿越，孤立无援的人类军队，毅然扛起地球文明的旗帜，直面异界万族掀起的恐怖狂潮。五十年后，孟超获得重生，惊喜发现通过为文明做贡献就能让自己变得强大。于是，重生归来的他拳打狰狞怪兽，脚踩邪恶恶魔，手撕恐怖古神，强势镇压异界。这一世，他立下誓言，定要改写自己和父母的命运，更要扭转全人类的结局！
广濑夏子高中毕业后成为了一名原画师，迅速展现出自己的才华，并很快以导演身份出道。首次导演的作品成了社会现象般的大作，广受好评。夏子被评价为新锐天才导演，并决定下一部作品是以初恋为主题的剧场恋爱喜剧。然而，从未体验过恋爱的夏子对初恋毫无概念，因而无法创作分镜，电影制作也陷入僵局。某天在绘制分镜时，夏子突然失去了意识，当她醒来时，发现自己已经身处于小时候沉迷的动画电影《灭亡物语》的世界之中。
故事的舞台是互联网系统发达的都市「DEN CITY」。在那里有经由巨型企业「SOL技术社」通过高度的网络技术构筑而成的被称为「LINK VRAINS」的VR空间。人们都在那个VR空间中为体验到全新的决斗而狂热。可是在「LINK VRAINS」中却出现了利用决斗来进行黑客行为的谜之黑客集团「海诺因骑士团」。而他们的目标是将存在于互联网的某处的“AI们的世界=电子界”毁灭。然而在世界受到这样的威胁时，有一名决斗者站了出来。而他的名字正是「Playmaker」。在那场传奇的战斗中，「Playmaker」使用压倒性的决斗将「海诺因骑士团」打倒，成功捕获了「SOL技术社」和「海诺因骑士团」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然后却突然消声匿迹了，而他的名字就在互联网的世界中一瞬间变得声名远播，成为了传说。而现在，作为「Playmaker」的正体的某位高中生藤木游作，为了寻找过去发生的某件事件的真相，对再次在「VRAINS」出现的「海诺因骑士团」展开了追击...... 以此为契机，命运的齿轮就此转动……迷之AI的真身，「海诺因骑士团」盯上「Link Vrains」的目的，以及隐藏在游作过去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中
