未来星际，无数异兽入侵，吞食异兽就能获得基因，人类于是迎来了基因大进化时代。刚进庇护所的新人韩森，表面上是遭人鄙视的存在，另一面却是人人敬仰的“B神”！韩森：不好意思，只有我能获得超级神基因！
住在拥有600人口的小岛渡成岛的花奈，正在为明天的高中入学典礼做准备。 花奈负责了岛上的广播工作，她从小学四年级开始在岛上开展的朗诵会，对岛上的小孩子来已经成为了一种乐趣。 朗诵会结束后，一个号称是李子丘高中，也就是花奈即将入学的高中的广播部成员的女高中生的声音突然传来……这是以广播部为舞台，描绘高中生心灵成长的故事！
年轻的古生物学家达里厄斯·鲍曼在加利福尼亚州的荒野中发现了活恐龙。
松田启人（津村真琴 配音）是一个热爱幻想的五年级男生，一次偶然中，启人捡到了一张神奇的卡片，这张卡片将启人带往了生活着数码兽的数码世界，在那里，启人遇见了基尔兽，此时的他并不知道，基尔兽将会是他一生中最重要的搭档和朋友。为了保护数码世界和数码兽，四圣兽之一朱雀兽接连不断的将帝魔送往人类世界，造成了危险和混乱，启人和好友牧野留姬（折笠富美子 配音）、李健良（山口真弓 配音）一起为了保护和平加入了战斗之中。不仅如此，朱雀兽还带走了掌握着数码兽进化关键的古乐兽，追随着古乐兽的踪迹，启人一行人闯入了数码世界，展开了大冒险。
