每当人类被负面想法控制，就会形成一种黑念水晶，如果黑念水晶没有被及时消灭，人类就会变成可怕的暗化者！为了阻止墨莉娜公主借助黑念水晶摧毁人类世界，三名梦奇拉精灵找到三位性格各异的女孩，让她们变身成梦奇拉少女，对抗永叹王国的邪恶力量，净化被蛊惑的人心，守护人类世界。
继《迪迦奥特曼剧场版:最终圣战》的故事时间之后火星移民计划启动，人类纷纷登陆火星和其他领域。新的GUTS——SUPER GUTS成立了，并替代了原GUTS。 转眼间7年过去了，人类取得了巨大的突破，开始了对多种未知世界的开拓。地球人怀着单纯的憧憬以及无限的探求心，向太空进发，人们将此称为新领域的时代。但与此同时，一些新的可怕力量也都苏醒过来。 本作的主人公飞鸟信，是在光中消失的宇航飞行员飞鸟一马的儿子。当时的飞鸟信还和他的父亲约定回来看他打棒球，在此时他却从戴民长官那里得知了噩耗。
