《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
前一世，丹圣秦逸尘虽然拥有着冠绝大陆的丹术，名震天下，但却因为武道造诣平庸，只能眼睁睁的看着仇敌欧阳昊天夺了自己爱人风千雪的武魂，在自己眼前杀了风千雪和他的兄弟澹台朔。
故事发生在原本美丽和平的魔仙世界中，现在，这里已经很久很久没有传出过音乐声了。魔仙女王姬丝美莎的童年玩伴美乐蒂失踪了，也许消失的音乐和美乐蒂的失踪有着千丝万缕的关联。姬丝美莎派出了魔仙堡的小蓝，还有双子星公主贝贝以及美琪、美雪等人来到人间寻找最美丽的音乐“梦幻协奏曲”，同时答应美乐蒂的情报。
由于被迫为帕克斯顿·鲍威尔做脏活，皇家同花顺帮开始分崩离析，而蝙蝠侠则必须收拾残局。
