《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
千百年前，神州大地遍布着天地灵气，而能够驱使灵气为己所用的便是驱魔师，他们的使命便是制止千年一现世的天魔为祸人间。然而汉代却发生了天地灵气一夜之间消失殆尽的惨剧，史称“万法归寂”，失去了力量的驱魔师们也逐渐退出了人们的视野。秦晋割据时期战火不断，枉死者的怨气成为了天魔复生的原料；为阻止它的阴谋，世间最后一位大驱魔师陈星带着寄宿在他三魂七魄中的宝物“心灯”踏上旅程，前往襄阳城寻找命中注定将与他共同携手驱魔的护法武神——项述。
上一场激烈的战斗已经结束了数千年，邪恶的金翅雕被封印在高塔之内永世不得翻身，为了重新获得自由，它复活了自己的爪牙蛇妖和蝎妖，又将葫芦山炸成七块，令葫芦兄弟们四散各地不能团聚。之后，蛇妖和蝎妖奉金翅雕之命找到落单的葫芦兄弟们，决心将他们逐一消灭，以实现金翅雕统治世界的野心，葫芦山神得知了这一可怕的阴谋，复活了爷爷。就这样，爷爷踏上了寻找葫芦兄弟的旅途，而失散的葫芦兄弟们则失去了记忆。爷爷必须快马加鞭，和时间赛跑，赶在妖怪们之前找到葫芦兄弟，与此同时，已经忘记一切的葫芦兄弟是否会想起从前，担负起拯救苍生的伟大重任呢？
