所谓的“交流障碍症”——
居住在宁静的孤岛·伊那国岛的少年们，突然遭遇了足球部废部的危机。取回足球的条件是，在Football Frontier的比赛中取得一胜。主人公·稻森明日人等人离开了岛，进入雷门中学并向Football Frontier发起挑战。伊那国·雷门十一人初战的对手，是排名第一的“星章学园”……
突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
