这一天，班上转来了两个学生，一个是跳级生美滨千代（金田朋子 配音），她拥有着和可爱外表完全不匹配的天才级智商，以及同智商完全不匹配的情商。另一个叫春日步（松冈由贵 配音），她倒是表里如一的迟钝和呆萌。很快，她们便和同学们打成了一片。泷野智（樋口智惠子 配音）人称阿智，争强好斗的同时，却有着意外的单纯和天真。外表冷静成熟的榊（浅川悠 配音）对世上一切可爱的东西抵抗力为零。水原历（田中理惠 配音）是阿智的童年玩伴，成绩优秀的她毫无疑问的成为了阿智的挑战对象。再加上一个活宝班主任谷崎由佳里（平松晶子 配音），这三年的高中生活一定会多姿多彩的。动画片由漫画家东清彦的同名四格漫画改编，用过描绘女子高中生的日常，展现了一个可爱温暖，妙趣横生的世界。
小咖带领神奇的咖宝伙伴再次出发，一起守护时空。在这一季中，来自宇宙的外星人们带来全新的危机与挑战，它们偷走红色制造城市大乱、吸收海水严重影响生态、抢夺动物危害自然生命，还为了得到黄金而夺走人类的各种资源，甚至还与捣蛋兄妹结盟四处作乱，小咖和咖宝们每一次都果断出击，化解各种危机，他们又回到过去拯救远古生命、维护时空稳定，对付偷猎者、盗窃集团、诈骗分子和黑心商人，以及守护人们、动物们的安全和快乐，时刻保卫身边世界的和平与安宁。
