东方桃子是一名平凡而普通的小女生。一天放学后，她无意中获得一本神奇的花语星卡笔记，通过这本笔记,桃子发现了世间存在一种诞生于自然界的精灵。这些精灵呈兽形或者人形，拥有强大的自然力量，不加以控制会给我们的生活制造出很多麻烦。但是有一种人，能够与精灵沟通，并使用星卡收服精灵，控制和使用它们的力量，我们称之为星卡师。为了解决黑化精灵们造成的麻烦，东方桃子通过努力学会净化精灵的力量，成为了星卡师的一员。并得知自己身负花语公主血脉力量，拥有净化黑化精灵，拯救精灵的重要使命！在收服和了解精灵的过程中，她还收获了两个伙伴
前作中以三号机驾驶员巴武藏的牺牲为代价，终于打败了恐龙帝国，但又出现了由有角人类构成的百鬼帝国也要征服世界。补充了新驾驶员車弁慶及新机器盖塔G的早乙女研究所又投入了战斗。
故事以18世纪的欧洲为舞台，在当时的意大利某小镇上，有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是一对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父 ( 睡神修普诺思) 的指引，去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘少女，自此亚伦的身体开始发生了变化。
在500年前，蚩尤欲引入化外毁灭三界，天地存亡旦夕不保，有十五位英雄联以生命为代价，终将蚩尤封印于战神山武神坛，500年后蚩尤破封在即，人间群魔骚动，三界有志之士携手挽救苍生，故事就此开始... ....前世结的缘，今生何以再续？
